El máximo órgano de EAPN RM es la Asamblea General, donde tienen cabida todas las entidades que componen la red y es la encargada de tomar todas las decisiones estratégicas. Justo por debajo, se sitúa Junta Directiva, que es el órgano de representación que gestiona y defiende los intereses de la Red. Está compuesta por representantes de las entidades miembro designados por la Asamblea General.
